ד"ר מיכל חפר סיימה את התואר הראשון בחינוך מוסיקלי באקדמיה למוסיקה ומחול בירושלים והמשיכה את לימודי התואר השני באוניברסיטת טמפל בפילדלפיה. את לימודי התואר השלישי השלימה באוניברסיטת תל אביב בתחום הקוגניציה המוסיקלית בחוג למוסיקולוגיה. עבודת הדוקטוראט שלה עסקה בבדיקת תגובות פסיכו -פיזיולוגיות ופסיכו -מוטוריות של יילודים למוסיקה, בהנחייתם של פרופ' ורוניקה כהן, פרופ' יהודית כהן וד"ר זלמן ווינטראוב. במהלך לימודיה בארה"ב, הוסמכה כמדריכה ומנחת קבוצות מטעם מכון גורדון למוסיקה והביאה לראשונה לארץ את גישת גורדון לחינוך המוסיקלי.

ד"ר חפר חברה בסגל ההוראה של אוניברסיטת בר אילן והאקדמיה למוסיקה בירושלים משנת 2007. היא פיתחה את תוכנית הלימודים "קטן-טון" המהווה מודל חדשני לפיתוח מיומנות מוסיקלית בשנים הראשונות. היא מבוססת על חשיפה למוסיקה מורכבת ומגוונת ומעודדת שיתוף ואינטראקציה קולית ותנועתית עם הפעוט. עבודתה הוצגה בכנסים רבים בארץ ובחו"ל . בין השאר העבירה קורסים וסדנאות בארה"ב, באיטליה, ברזיל, יוון , ספרד, קוריאה ובסין. במהלך השנים האחרונות מוזמנת בקביעות כמרצה אורחת בקונסרבטוריון למוסיקה ע"ש Donna Olimpia  ברומא.