פרופ'מיכאל מלצר מכהן זה למעלה מעשור בתפקיד סגן-נשיא האקדמיה למוסיקה ולמחול בירושלים. נחשב לאבי הנגינה האמנותית בחלילית בישראל ולדמות-מפתח בביצוע המוסיקה העתיקה בארץ. חינך ולימד עשרות תלמידים, רובם משמשים כמורים באקדמיות וקונסרבטוריונים ברחבי הארץ וגם בעולם. רבים מתלמידיו זכו לאורך השנים בתחרויות האקדמיה ואף הופיעו כסולנים עם תזמורתה. ארבעה מתלמידיו זכו בפרס פרנסוא שפירא היוקרתי, אותו פרס שמיכאל זכה בו בתחרות הראשונה שהתקיימה ב- 1978.

כנגן וירטואוז בחלילית, חליל וחליל-בארוק הקליט למעלה מ- 80 תקליטים ותקליטורים, ביניהם בולטים תקליטור שלם של עיבודיו לחליליות מיצירותיו של באך, וכן תקליטור הקונצ'רטו "ושמחת לבב" לחליל ותזמורת של יחזקאל בראון בהוצאת שוואן-קוך ברלין. הופיע כסולן עם כל התזמורות הישראליות ועם חלקן אף כמנצח. בין היתר הופיע כסולן עם תזמורות בפילהרמוני בברלין, אולם אגודת-המוסיקה של וינה ואולם המלכה אליזבת בלונדון. הופיע כסולן עם המנצחים רודולף ברשאי, איונה בראון, פראנס בריכן, מנדי רודן, אבנר בירון, אנדרו לורנס-קינג ואחרים. ניגן מוסיקה קאמרית עם פנחס צוקרמן, כריסטוף קואן, היינץ הוליגר, סרג'יו אזוליני, חגי שחם, צבי פלסר, בוריס ברמן ורבים אחרים.

מיכאל ביצע מאות ביצועי-בכורה ליצירות ישראליות שחלקן הוקדשו לו. מאז שנת 2000 ועד 2010 כהן כמנהל האמנותי של פסטיבל "קול המוסיקה בגליל העליון" בכפר-בלום, ומתוך כך הפך לאחת הדמויות המשפיעות ביותר בישראל בתחום הנגינה הקאמרית. בין הפרויקטים שערך וניהל לכל הפסטיבלים בישראל וגם בחו"ל (פסטיבל ישראל, פסטיבל ברצלונה, פסטיבל "סרוונטינו" במקסיקו ועוד) בולטים הפרויקטים המיוחדים של שילוב סגנונות עם אמנים כשלמה גרוניך, נתנאלה, אנסמבל מזרח-מערב, דוד ד'אור, איריס פורטוגלי, ירון גוטפריד ורבים אחרים, שבכולם היה מיכאל המנהל המוסיקלי וגם יוצר העיבודים האמנותיים.

מיכאל מרצה מבוקש בתחומים רבים: מוסיקה עתיקה וביצועה, רטוריקה במוסיקה, מוסיקה קאמרית ותורות-ניהול, מוסיקה וקולנוע, רכיבי-הביצוע האמנותי, סגנון במוסיקה ובביצועה ועוד. ערך הרצאות וכיתות-אמן באוניברסיטת בוסטון, אוניברסיטת ניו-יורק, הקונסרבטואר הלאומי בפריס, ביה"ס הגבוה למוסיקה בהמבורג, מרכז המוסיקה ירושלים "משכנות שאננים", האקדמיה למוסיקה בתל-אביב ובעוד אין-ספור מוסדות בארץ.