התכנית ללימודי תואר שני – מוסמך במוסיקה (.M.Mus), חינוך מוסיקלי מיועדת לאנשי החינוך המוסיקלי במסגרות השונות המעוניינים להתמחות ולהתפתח בתחומם ולהוות דור של מנהיגות תרבותית- חינוכית- אמנותית.

התכנית עשירה ומגוונת בתכני הלימוד ומאפשרת לסטודנטים להעמיק את ידיעותיהם תוך התעדכנות מתמדת במגמות ובנושאים מתחדשים בארץ ובעולם, כל זאת באווירה תומכת ומקצועית. הלימודים עם בכירי המרצים באקדמיה, כוללים היכרות עם זרמים וחידושים בשדה החינוך המוסיקלי, לימודים מתקדמים בשיטות מחקר וסמינריונים להכנת עבודת הגמר וביצוע. כמו כן, יתקיימו בתכנית הרצאות חיות ומקוונות עם גדולי המרצים בתחום החינוך המוסיקלי בעולם.

במהלך הלימודים יונחו הסטודנטים בעריכת עבודות הגמר. נושאי המחקר מגוונים וכוללים ניצוח מקהלות ילדים, הוראה בגיל הרך, יסודי או תיכון, חינוך מוסיקלי במרחב הרב תרבותי, פדגוגיה במגזר הערבי, סוגיות בהוראת הכלי, זהות המורה, פיתוח תכניות לימודים, פיתוח יצירתיות ועוד.

בנוסף לתכנית הלימודים, הסטודנט יוכל לקבל שיעור יחידני בכלי/המקצוע הראשי אותו למד במסגרת תואר הראשון -  עם מיטב המורים בארץ, מרצי הפקולטה לאמנויות הביצוע באקדמיה.   בוגרי התכנית משתלבים בעמדות מפתח וניהול במשרד החינוך ובמוסדות החינוך השונים. משך הלימודים הינו שנתיים. 

קיימת אפשרות למסלול עם תזה.