מסלול לימודים לקראת תואר שני (מוסמך במוסיקה – M.Mus) המכשיר מלחינים ומנצחים ברמה מתקדמת תוך התמחות והתמקדות במקצוע הראשי. לצד גיבושה של האמירה האמנותית האישית (כהמשך ישיר של לימודי התואר הראשון באקדמיה), מסלול זה לתואר שני נועד גם לטיפוח היכולת והמוטיבציה ליוזמה אמנותית, במטרה להשפיע על היווצרות מנהיגות תרבותית-חינוכית-אמנותית. מסלול זה יכול לשמש גם כשלב לקראת לימודי דוקטורט.
תכנית הלימודים מאפשרת לסטודנטים המתמחים, כל אחד בתחומו, גם חקר והעמקת ידיעותיהם על המסורת התרבותית, וגם התעדכנות מתמדת במגמות ובתחומים המתחדשים בסגנונות המוסיקה השונים בארץ ובעולם.
קיימת אפשרות למסלול עם תזה.
