ילידת ישראל,סיימה בהצטיינות את לימודי התואר הראשון בביה"ס למוסיקה ע"ש בוכמן-מהטה בת"א בכיתתה של פרופ' רחום והמשיכה ללימודי התואר השני ב-Manhattan School of Music New york  בהדרכתהשל Marlena Malas. זוכת תחרות השירה בביה"ס למוסיקה בוכמן-מהטה ת"א ומלגת קרן התרבות אמריקה-ישראל שנים 1988-89.

הופיעה כסולנית אורחת עם מיטב התזמורות בארץ ובאירופה  תחת שרביטם של מנצחים ידועי שם כ: Daniel Barenboim, Zubin Mehta, Renee Jacobs, Michel Corboz, Simone Young ,Sebastian Weigle ,Alessandro de Marchi, ואחרים. כמו כן הופיעה במשך שנים כסולנית קבועה ב-Staasoper Berin   וב-EssenAalto theater בתפקידי אופרה ראשיים כגון פמינה, בלונשן ,ג'ולייטה, דספינה, אליזטה ,דידו, אנשן, מדאם זילברקלנג ורבים אחרים וכן כזמרת אורחת באופרה הישראלית החדשה.

השתתפה כסולנית בפסטיבלים חשובים כפסטיבל אינסברוק למוסיקה עתיקה, פסטיבל הנדל בקרלסרואה -גרמניה, פסטיבל שווצינגן, פסטיבל מישל קורבוז בפריבורג וב-Wiener Festwochen בוינה. הקליטה תקליטורים שזכו לשבחי הביקורת עם חברת ההקלטות  Harmonia Mundi, בינהם -L'orfeo Monteverdiו Secular Cantats-J.S Bach בניצוח רנה יעקובז וכןMozart-Requiem   עם חברת ההקלטות   Virgin's recordsבנצוחו של מישל קורבוז.

משנת 1997 מלמדת אפרת פיתוח קול בסטודיו הפרטי שלה. בשנים האחרונות עבדה כמורה לפיתוח קול בסטודיו האופרה של האופרה הישראלית וכיום מלמדת גם באקדמיה למוסיקה ומחול בירושלים וגם בביה"ס למוסיקה ע"ש בוכמן-מהטה בת"א. רבים מלתמידיה של אפרת בן-נון זכו בתחרויות ומופיעים כיום בהצלחה על בימות ידועות ברחבי העולם.